מהי בדיקת ריצוף אקסום? EXOME

דף מידע מאת ד"ר ליאור כהן MD, מומחה לגנטיקה רפואית. לקביעת תור לד"ר ליאור כהן צרו קשר בטלפון – 08-8564646

״בדיקת אקסום״, או ״ריצוף אקסום״ (Whole Exome Sequencing), היא בדיקה גנטית מתקדמת שנועדה לבודד שינויים ברצף דנ״א, הקשורים למצב חולי גנטי של הנבדק. מדובר בבדיקה מורכבת, בה נקרא רצף הדנ״א של אלפי גנים בו-זמנית (כ-1% מהגנום האנושי). בזכות כך, נחשבת בדיקת ריצוף אקסום לשיטה מקיפה לניתוח דנ״א לצורך גילוי גורמים גנטיים של מחלות ותסמונות גנטיות.

כיצד מתבצעת בדיקת אקסום?

בדיקת ריצוף אקסום מבוססת על טכנולוגיה חדשנית של ״ריצוף מהדור החדש״ – New Generation Sequencing (או בקיצור – NGS) ומתבצעת באמצעות מכשיר המכונה ״מרצף עמוק״. עד כה, קריאת הקוד הגנטי באדם מסוים התמקדה בקביעת רצף האותיות של גן ספציפי.

הטכנולוגיה של ריצוף מהדור החדש מאפשרת קריאה בו-זמנית של רב (מעל 90%) החומר הגנטי הפונקציונלי (המקודד לחלבונים, אשר פגם בו גורם למחלות) של הנבדק.

הפקת דנ״א  נעשית באמצעות לקיחת דגימת דם פשוטה או דגימת רוק מהנבדקים או דגימת סיסי שליה/ מי שפיר בהריון. ישנה עדיפות לקחת דגימה ל-3 בני משפחה – מטופל ושני קרובי משפחה מדרגה ראשונה על פני המטופל בלבד (בדיקת Trio לעומת Singleton בהתאמה).

ריצוף אקסום כולל הן בדיקה טכנית, והן תהליך של פענוח ביו-אינפורמטי של ממצאי הבדיקה כדי לאתר שינוי ״חשוד״ (מוטציה) ברצף הקריאה, ועל כן הוא עלול להימשך על פני מספר שבועות עד לקבלת התוצאות. בכל מקרה של ממצא משמעותי, יש צורך לערוך בדיקה בשיטה נוספת כדי לוודא ולאמת אותו.

למי מתאימה בדיקת ריצוף אקסום?

מומלץ לבצע ריצוף אקסום לאחר ייעוץ גנטי, כאשר מתעורר חשד לקיומה של מחלה גנטית הנובעת משיבוש של גן יחיד אצל מטופל או בעובר.  דוגמאות למצבים שכיחים כאלו: מחלות נוירו-התפתחותיות, אפילפסיה, פיגור שכלי, מחלות עיניים/ לב/ שלד/ רקמת חיבור תורשתיות הקשורות לשיבוש ברצף של גן יחיד וכאשר מוכרים גנים רבים ,ריבוי מומים בעובר ועוד. בחלק מהמצבים לפני המלצה על ריצוף אקסום מקובל לשלול שינויים גנטים אחרים המתגלים בטכנולוגיות אחרות למשל בבירור של פיגור שכלי מקובל לשלול תחילה תסמונת X שביר (בדיקה מולקולרית ספציפית) או שינויים כרומוזומלים באמצעות שבב גנטי (chromosomal microarray או בקיצור CMA)

מה מגבלות שיטת ריצוף אקסום?

מגבלות הבדיקה נובעות בחלקן ממגבלות טכניות וכוללות: חוסר יכולת לגלות שינויים גנטיים באזורי דנ״א שלא נקראו או לא כוסו היטב (אזורי בקרה, מוזאיקות קטנות), שינויים שאינם קשורים לרצף גנים אך קשורים לביטויים (שינויים אפיגנטים), חסרים גדולים בדנ״א, שינויים מבניים בכרומוזומים כשחלוף (טרנסלוקציה)  או היפוך  (אינברסיה) ועוד.

ישנה בדיקה נוספת רחבה יותר ״ריצוף גנום״  שנמצאת בשימוש קליני מוגבל יותר בשל העלות והמורכבות הגבוהים אבל על כך נפרט בפעם אחרת.

מה יעילות בדיקת אקסום?

בדיקת ריצוף אקסומי הינה שיטה יעילה לאיתור שינויים בחשד למחלה גנטית הנובעת משיבוש בגן יחיד (מחלה מונוגנית). יעילות הבדיקה תלויה בבחירת מצבים מתאימים, באיכות הריצוף, הפענוח, ובממוצע מצליחה להגיע לאבחנה מולקולרית ב- 30-40%  מהמקרים, במצבים מסויימים יעילותה נמוכה מאוד מתחת ל- 5% כאוטיזם לא תסמונתי אך במצבים מסויימים עשוייה להגיע אף ל- 70%  (קטרקט מולד).

היכן מבצעים את הבדיקה וכמה היא עולה?

הריצוף נעשה במרבית המקרים במעבדות בחו״ל כאשר הפענוח נעשה במגוון מכונים גנטיים בבתי חולים ציבוריים ומעבדות פרטיות ברחבי הארץ. הבדיקה נמצאת כיום בסל הבריאות במסגרת פיילוט לבירור גנטי לילדים ומבוגרים בחשד למחלה הנגרמת משיבוש בגן יחיד ע״פ קריטריונים שהוגדרו מראש – לחץ כאן  לחוזר רפואה 10/2018, ובהמלצת גנטיקאי.

עלות הבדיקה עומדת כיום כ-4000 ש״ח לבדיקת מטופל אחד ו- 9000-11,000 לבדיקת שלושה בני משפחה (בד״כ המטופל והוריו במתכנת טריו), וכוללת את דו״ח הפענוח הביו-אינפורמטי והעברת הקבצים למשפחה. במידה והבדיקה לא אושרה למימון במסגרת פיילוט משרד הבריאות, מומלץ לבחון השתתפות במימון הבדיקה באמצעות פוליסות ביטוח בריאות פרטיות או שרותי בריאות נוספים (ככללית פלטינום).